克拉克大学研究生只设有研究生院、商学院、国际发展与环境项目和继续教育学院三个学院。硕士项目(不计本硕连读)只有英语、教育学、国际发展、环境、社区发展、会计、金融等有限的几个专业。博士项目有生物、物理、化学、经济、地理、历史及心理学等有限的几个专业。
本科专业：
生化和分子生物学、生物信息学、生物学、化学、沟通与文化、计算机科学、经济学、教育、工程、英语、环境科学、外国语言文学、地理、全球环境研究、政府和国际关系、历史、暴行研究、国际发展和社会变革、法律、法律与社会、工商管理、数学、医学咨询、音乐、和平研究、哲学、物理、医学院预科、牙医预科、心理学、人种研究、电影研究、社会学、城市发展和规划等等。
硕士专业：
生物学、金融学，会计学，工商管理、公共管理、化学、社会发展与规划、经济学、英语、环境科学与政策、地理信息学、地理学、历史、暴行研究、国际发展和社会变革、物理、心理学、教学、城市教育与教师调查、女性研究等等。